R-Project/Package digest : Différence entre versions

Version du 7 mai 2018 à 19:00

digest

• installé via install.packages() (voir fullrefmanuel.pdf)
  • spécifier le paramètre lib permet d'installer le package où on veut, eg dans le répertoire principal lib = "/usr/lib/R/library"
  • faut aussi que les droits d'écriture soient comme il faut : chmod 777 /usr/lib/R/library , et ceci avant de lancer la session R. En effet, chmod pendant la session R ... n'est pas pris en compte.

• lire la section du manuel R-admin.pdf
• chown -R bibi /usr/local/lib/R + chgrp -R bibi /usr/local/lib/R , sinon ça le fait pas
• l'install appelle x fois gcc

> lib0 = "/usr/lib/R/library"
> install.packages("digest", lib=lib0)
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
essai de l'URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/digest_0.6.15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 122095 bytes (119 KB)
==================================================
downloaded 119 KB

* installing *source* package ‘digest’ ...
** package ‘digest’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c aes.c -o aes.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c crc32.c -o crc32.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c digest.c -o digest.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c init.c -o init.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c md5.c -o md5.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c pmurhash.c -o pmurhash.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c raes.c -o raes.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c sha1.c -o sha1.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c sha2.c -o sha2.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c sha256.c -o sha256.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c xxhash.c -o xxhash.o
gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o digest.so aes.o crc32.o digest.o init.o md5.o pmurhash.o raes.o sha1.o sha2.o sha256.o xxhash.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/lib/R/library/digest/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded

* DONE (digest)

Les packages source téléchargés sont dans
	‘/tmp/RtmpeNTaVF/downloaded_packages’
mise à jour de la liste HTML des packages dans '.Library'

• ne pas espérer utiliser illico les fonctions de digest ... faut encore une fois fermer et relancer R

• voir aussi : Bitcoin

Package openssl

• https://cran.r-project.org/web/packages/openssl/index.html

C'est un package "concurrent" de digest.

• mêmes manoeuvres qu'au-dessus
• sous debian, au préalable, il faut avoir installé le paquet libssl-dev. Si pas fait, l'install s'interrompt en vous disant ce qui cloche et quoi faire.