R-Project/Package digest
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Sommaire
- installé via install.packages() (voir fullrefmanuel.pdf)
- lire la section du manuel R-admin.pdf
- chown -R bibi /usr/local/lib/R + chgrp -R bibi /usr/local/lib/R , sinon ça le fait pas
- l'install appelle x fois gcc
> install.packages() Installation du package dans ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (car ‘lib’ n'est pas spécifié) essai de l'URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/digest_0.6.12.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 120337 bytes (117 KB) ================================================== downloaded 117 KB * installing *source* package ‘digest’ ... ** package ‘digest’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c aes.c -o aes.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c crc32.c -o crc32.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c digest.c -o digest.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c md5.c -o md5.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pmurhash.c -o pmurhash.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c raes.c -o raes.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha1.c -o sha1.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha2.c -o sha2.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha256.c -o sha256.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c xxhash.c -o xxhash.o gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o digest.so aes.o crc32.o digest.o init.o md5.o pmurhash.o raes.o sha1.o sha2.o sha256.o xxhash.o -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /usr/local/lib/R/site-library/digest/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (digest) Les packages source téléchargés sont dans ‘/tmp/RtmpPHmbQe/downloaded_packages’ >
> lib = "usr/lib/R/library"; > install.packages(lib=lib) essai de l'URL 'https://pbil.univ-lyon1.fr/CRAN/src/contrib/digest_0.6.12.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 120337 bytes (117 KB) ================================================== downloaded 117 KB * installing *source* package ‘digest’ ... ** package ‘digest’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées ** libs gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c aes.c -o aes.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c crc32.c -o crc32.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c digest.c -o digest.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c init.c -o init.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c md5.c -o md5.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c pmurhash.c -o pmurhash.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c raes.c -o raes.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha1.c -o sha1.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha2.c -o sha2.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c sha256.c -o sha256.o gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-yDv1ct/r-base-3.3.3=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c xxhash.c -o xxhash.o gcc -std=gnu99 -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-z,relro -o digest.so aes.o crc32.o digest.o init.o md5.o pmurhash.o raes.o sha1.o sha2.o sha256.o xxhash.o -L/usr/lib/R/lib -lR installing to /usr/lib/R/library/digest/libs ** R ** inst ** preparing package for lazy loading ** help *** installing help indices ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded * DONE (digest) Les packages source téléchargés sont dans ‘/tmp/RtmpyzPXRC/downloaded_packages’ mise à jour de la liste HTML des packages dans '.Library' Warning messages: 1: In file.create(f.tg) : impossible de créer le fichier '/usr/share/R/doc/html/packages.html', à cause de 'Permission non accordée' 2: In make.packages.html(.Library) : impossible de mettre à jour l'index HTML des packages >
- faut faire un chown -R bibi /usr/share/R pour que ça gaze
- à noter que chaque install écrase le répertoire en place sans rien dire
- pour que le package soit enfin chargé, il faut le spécifier dans /etc/R/Renviron.site
- si on le spécifie plus tard ... c'est trop tard
- voir aussi : Bitcoin
Package openssl
C'est un package "concurrent" de digest.
- mêmes manoeuvres qu'au-dessus
- sous debian, au préalable, il faut avoir installé le paquet libssl-dev. Si pas fait, l'install s'interrompt en vous disant ce qui cloche et quoi faire.
